Чаще всего под термином “бактерии” в аквариумистике имеют в виду группу нитрифицирующих бактерий в аквариуме, осуществляющих в присутствии кислорода (аэробный процесс) переработку растворенной в воде органики через аммиак и нитрит до нитрата в процессе азотного цикла.
Реже – группа денитрифицирующих микроорганизмов, производящих восстановление нитратов до свободного азота в анаэробном процессе с попутным синтезом некоторых других веществ (метана, сероводорода и др.)
Под этим же термином понимают также болезнетворные микроорганизмы, вызывающие бактериалку – бактериальные заболевания рыб.